Zhan and Fu（2011）基于线粒体 ND2 基因及 5 个核基因 (Sox9-2、Rho-3、CCNB2-3、UCH-2、DBI-2) 的分子系统学研究显示，分布于云南香格里拉市、泸沽湖和四川炉霍县、白玉县等高海拔地区的"西藏蟾蜍"与分布于中国南方和东北地区的中华蟾蜍没有遗传分化，认为"西藏蟾蜍"是中华蟾蜍的次订同物异名。研究显示不同地区之间的中华蟾蜍种群间基因流广泛，不支持隔离后扩散 (vicariance followed by dispersal)假说(Macey et al., 1998)，即高海拔地区的中华蟾蜍种群是由低海拔地区的种群发生一次隔离事件而产生的。Zhan and Fu（2011）的研究认为，由于受到第四纪冰期和间冰期气候变动的影响，中华蟾蜍经历了重复的分布区扩张事件 (repeated range expansion)，并且整体上有从西南地区向东北方向扩张的趋势。
车静 等（2020）基于线粒体基因 12-16S rRNA 数据分析，来自四川理塘县、西藏比如县的"西藏蟾蜍"与中华蟾蜍 (包括模式产地样品) 聚在一起，各种群之间没有明显的遗传分化，数据支持Zhan and Fu（2011）的研究，将" 西藏蟾蜍"归并为中华蟾蜍。该种群与内地其他种群相比，如中华蟾蜍指名亚种 (费梁等, 2009)，主要形态差异是：体型较小，雄性50.0-71.3 mm，雌性42.9-84.3 mm(vs. 体型较大，雄性 79.2-106.1 mm)；背面具 1 条明显的脊纹 (vs. 无脊纹)；后腹部和股基部具紫黑色大斑，亚成体尤明显 (vs. 无黑色大斑)。这些特征可能是适应高海拔环境而产生了适应性形态分化的结果。基于其形态的特化，车静 等（2020）将该种群记录为“中华蟾蜍-青藏高原高海拔种群”，主要分布于青藏高原东南部及东缘地区。
基于线粒体基因 12-16S rRNA 数据的分析，车静 等（2020）的研究发现，来自西藏芒康县和四川巴塘县 ("圆疣蟾蜍"模式产地) 形态上鉴定为"圆疣蟾蜍"的标本与中华蟾蜍 (包括模式产地物种) 不同种群聚在一起，遗传上不同种群之间分化较小。形态上，"圆疣蟾蜍"背面皮肤瘰粒和疣粒较大而平，腹面几乎无斑，后腹部和股腹面无黑色斑块等特征，可与中华蟾蜍其他种群 (包括青藏高原高海拔种群) 相区别。考虑到该种群形态可鉴别，结合分子系统学结果，车静 等（2020）暂将原" 圆疣蟾蜍"记录为中华蟾蜍-芒康金沙江河谷种群。
盘古蟾蜍分类上的问题一直以来都存在很大争议。直到1986年，日本学者M. Matsui运用形态测值的多变量分析，认定盘古蟾蜍的形态具独特性，才又恢复使用Bufo bankorensis，但仍然存疑。 Lin et al., 2006采集了台湾43个点的盘古蟾蜍，发现台湾盘古蟾蜍与大陆、宫古岛的中华蟾蜍形成两大主要支系：其中一支为广泛包含了台湾北部、中部及中南部的系群。南京江宁的中华蟾蜍与宫古岛的中华蟾蜍与广泛分布台湾北部、中部及中南部的系群聚在一起，形成两大系群其中一大支系。另一大支系为一泛岛型系群。这一泛岛型系群中还包含了大陆福建省武夷山及福州地区之中华蟾蜍样本。两大系群之间遗传距离(K2P distance)为0.059，系群内遗传距离分别为0.009与0.020，差异皆不大。盘古蟾蜍与中华蟾蜍整体间平均遗传距离为0.045，以种间的差异而言相当小，因此认为盘古蟾蜍与中华蟾蜍应为同种异名。
编写：张栋儒编辑：张栋儒2023.05.14